Prästerna och munkarna betraktade först kakaon som en farlig nymodighet som avledde människornas tankar från de eviga tingen. Men man bör helst inte fördöma en sak som man inte känner till och därför nedlät sig Herrens tjänare att smaka på den riskabla drycken. Det märkliga var att ett stort antal präster och munkar från den stunden blev hängivna kakaovänner.

Choklad accepterades således nästan omedelbart av kyrkan. Den stora skiljefrågan var rent akademisk: var chokladen mat, i vilket fall den borde bannlysas under fastan, eller var det en dryck, som i så fall var tillåten. Enligt stränga teoretikers uppfattning var den föda. De chokladsugna prelaterna ville emellertid ha det stadfäst att den endast var en dryck, så att de skulle kunna njuta den även under den långa, trista fastan. År 1569 fick påve Pius V smaka på drycken. Han tyckte den var så motbjudande att han inte kunde föreställa sig att någon skulle vilja dricka den oavsett vilken tid på året det var.

Läkare försvårade diskussionen genom att framhålla kakaons stora näringsvärde. Ett uns kakao innehöll lika mycket "kraft" som ett pund oxkött. Till prästernas lättnad ryckte kardinal Brancaccio 1664 till deras undsättning. Han lyckades i en avhandling bevisa att då kakaon för amerikanerna spelade samma roll som ölet och vinet för européerna, kunde kakaon lika lite som öl och vin anses bryta fastan. Som svar på frågan om kakaons näringsvärde frågade kardinalen om inte vin också innehöll näring.

Under de två nästföljande århundradena fortsatte debatten i ämnet med hjälp av oräkneliga lärda skrifter av teologer. Den stora frågan var att om chokladen tilläts, så skulle även annan mat kunna tillåtas. En skribent angav som exempel: "Den som äter ett hekto utsökt stekt stör har brutit sin fasta. Om han sönderdelar den och kokar den i buljong har han inte syndat." De flesta tyckte ändå att choklad passade för det gamla uttrycket: (drycker bryta icke fastan).

Det fanns dock en präst som utvecklade en våldsam avsmak mot chokladen - biskopen av Chiapas. Det var inte själva drycken han hade någonting emot, utan det faktum att damerna i Chiapas i Mexico insisterade på att deras tjänsteflickor under högmässan skulle komma med choklad till dem för att hålla dem vakna.

Förvirringen och avbrotten som orsakades av att tjänsteflickorna sprang ut och in i katedralen med choklad till sina matmödrar distraherade biskopen. Faktiskt så mycket att han förbjöd det och hotade med att bannlysa alla som inte löd hans befallning. Damerna brydde sig inte alls om hans direktiv och när prästerna försökte hindra tjänsteflickorna från att komma med chokladen blev det kalabalik i katedralen och svärd drogs mot prästerna. Biskopen lämnade sin post då han insåg att han blivit besegrad.

Thomas Gage skriver i sin New Survey of the West Indies, utgiven 1648:

Strax efter sin avgång blev biskopen våldsamt sjuk. Läkare från när och fjärran skickades efter och de enades om att biskopen hade blivit förgiftad. En adelsman, som jag kände väl, ansågs allmänt ha varit den som föreskrivit att pagen skulle servera den kopp choklad, som förgiftade den man som så strängt hade förbjudit all chokladdrickning i kyrkan...

Och i Mexiko uppstod ett ordspråk som löd: "Akta dig för chokladen i Chiapas."