Kakaobönans arom utvecklas genom fermetering eller jäsning. Frukterna slås sönder och inuti ligger de röda bönorna i en tjock vit fruktmärg. Märgen grävs ur och läggs i jäskar eller mellan bananblad som bretts ut på marken. I det senare fallet täcker man sedan med flera bananblad och lämnar märgen att jäsa i sex dagar. Den biokemiska jäsningsprocessen startar vid 45-50°C.

Under jäsningen ombildas de naturliga sockerämnena till alkohol med hjälp av naturligt förekommande jästceller. Därefter följer, pga de syrefattiga förhållandena, en mjölksyrajäsning. Fruktköttet blir flytande och lossnar från kakaobönorna. (Av saften kan det tillverkas en oerhört sällsynt kakaovinäger.) Sedan sätter den tredje jäsningen igång: genom luftens inverkan ombildas alkoholen till ättiksyra.

Under jäsningsprocessen bryts bönornas groddämnen ner och fröskalen förstörs. Bönornas saft frigörs och börjar rinna av. Det gör att den ursprungliga bittersöta smaken försvinner och den arom, som senare avrundas under torkningsprocessen och rostningen, börjar bildas.

Jäsningsprocessen reducerar också bönornas naturliga innehåll av koffein och teobromin betydligt. Nu får bönorna sin karakteristiska bruna färg.

Tiden för jäsningen är avgörande. Om processen är för kort eller på annat sätt ofullständig påverkas aromen som i bästa fall inte blir helt perfekt. I sämsta fall får bönorna en bismak av tobak och rök.